O Tribunal de Contas do Estado (TCE) julgou como irregulares nove processos de prestação de contas feitos pelo Centro de Tecnologia do Paraná (Citpar) entre 1995 e 2002. Dentre as ações estão valores liberados pelo Tesouro Estadual (R$ 18,8 milhões ao todo) para execução de projetos que visavam o desenvolvimento científico do Paraná. A prestação de contas com o maior valor envolve um investimento de R$ 12 milhões feito entre 2001 e 2002. De acordo com o TCE, o investimento aconteceu para a concretização de uma parceria entre o Citpar e uma Organização da Sociedade Civil de Interesse Público (Oscip), não foi citada no documento.
No despacho, o tribunal constatou a não existência de planos de aplicação do dinheiro, relatórios, problemas em transferências bancárias e pagamentos de bolsa auxilio irregulares, justificando assim a decisão irregular.
No valor de R$ 500 mil, a prestação de contas do convênio realizado pelo Citpar e a Secretaria de Estado da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (Seti), em 1998, também apontou irregularidades. De acordo com o documento a parceria previa desenvolvimento tecnológico do Paraná. A conclusão do TCE apontou irregularidades dos dois órgãos. Por parte da Seti pela falta de pressupostos e justificativas para realização do convênio, falta de relatórios de acompanhamento e de controle interno da secretaria. Já por parte do Citpar, o TCE condenou o gasto em vão de R$ 235 mil com bolsistas. Na conclusão o TCE responsabilizou os respectivos ordenadores das despesas de cada órgão, não havendo a necessidade de devolução financeira.
A prestação de contas de R$ 300 mil utilizados em 2000 pelo Citpar para apoiar o Programa de Gestão do Ensino Superior, a Ectecnológica 2000 e o Seminário de Biotecnologia de Transgênicos, também foi considerada irregular pelo TCE. Nesse caso, por conta dos vários equívocos constados no documento, o TCE julgou pela devolução integral do valor envolvido naquela época.
Para iniciar o processo de transformação da Região Metropolitana de Curitiba em uma tecnópole, em 2002, o Citpar firmou um convênio com o Serviço Social Autônomo Paraná Tecnologia. Para isso recebeu R$ 150 mil que, segundo o TCE, foram aplicados erroneamente. Por conta disso, o tribunal julgou a prestação de contas desse convênio irregular, também pedindo a devolução integral de valor realizado para a parceria. A prestação de contas com o valor mais baixo (R$ 10 mil) diz respeito um pedido, feito há nove anos, de auxílio para implantação de um programa internacional de Mestrado Profissionalizante em Gestão e Tecnologias do Meio Urbano. Por conta das irregularidades o TCE pediu a devolução de R$ 9,9 mil.
Além das prestações de contas anteriores, o Citpar teve outros quatro processos julgados como irregulares pelo Tribunal de Contas do Estado (TCE). Todos foram feitos em parceria com a Fundepar entre 1996 e 2001. Os valores envolvidos nesses processos chegam a R$ 4,8 milhões. Juntos, os convênios foram criados para execução do programa Usina do Conhecimento, que beneficia projetos para desenvolvimento educacional, cultural e de formação suplementar para a educação no Paraná. No entanto foram julgados com irregularidades por não comprovação de princípios constituídos em lei, doação de bolsas que caracterizam vínculo empregatício, contratação indireta de pessoal (ato que afronta artigo da Constituição Federal), dentre outras. Por conta desses erros, o TCE condenou a devolução de R$ 135 mil do montante ao Tesouro Estadual.