O principal processo relativo ao mensalão envolvendo os bancos BMG e Rural, acusados de crime contra o sistema financeiro, ainda está ativo na Justiça Federal de Minas Gerais, em ações penais desmembradas pelo Supremo Tribunal Federal, em fase de recurso.
Em um dos processos, os dirigentes do Rural são acusados de crime contra o sistema financeiro praticados em 1998, durante a campanha à reeleição de Eduardo Azeredo ao governo de Minas, no chamado mensalão mineiro. Os processos começaram na Justiça de Minas, que os enviou ao Supremo que, por sua vez, devolveu à Justiça mineira.
No dia 28 de setembro de 2012, a juíza da 4.ª Vara Camila Franco Verano proferiu sentença extinguindo a ação com relação aos acusados Kátia Rabello e José Roberto Salgado, presidente e diretor do Rural, respectivamente, e absolvendo os acusados João Heraldo Lima, Luiz Francisco Cardoso Fernandes e Célia Bento Maselli, todos dirigentes da instituição, por falta de provas. O Ministério Público Federal seção Minas Gerais recorreu da decisão.
Uma semana antes, a juíza havia condenado réus no mensalão do PT, que também recorreram. Neste processo, os dirigentes do BMG Márcio Alaor e Flávio Pentagna foram condenados a cinco anos e seis meses de prisão, enquanto o presidente da instituição, Ricardo Annes Guimarães, pegou sete anos de prisão.
Existem dois processos ativos no Tribunal de Justiça de Minas Gerais, nos quais o banco Rural processa Marcos Valério Fernandes de Souza e seu sócio Cristiano de Melo Paz. Os processos tramitam em segunda instância após recursos de Marcos Valério e Cristiano Paz. Neles, o banco Rural cobra dívida de R$ 50 milhões de empréstimos contratados por meio de Valério. O BMG ajuizou ação semelhante em 2006, mas houve acordo entre as partes e o processo foi arquivado.