A Justiça Federal determinou que a União fizesse exames de DNA, num prazo de seis meses, nos restos mortais de desaparecidos que estavam enterrados em vala comum do cemitério de Perus, na zona oeste de São Paulo, e encontrados nos anos 90 e ainda sem identificação. A decisão do juiz da 6ª Vara Federal Cível de São Paulo, João Batista Gonçalves, obriga também a União a reestruturar a comissão de mortos e desaparecidos políticos e ao Estado de São Paulo a designar profissionais do Instituto Médico Legal (IML) para atuar com exclusividade no caso.
Segundo o Ministério Público Federal (MPF) em São Paulo, as ossadas estão atualmente guardadas no cemitério do Araçá. Para executar a missão, o magistrado determinou que a União reestruture em 60 dias a Comissão Especial de Mortos e Desaparecidos Políticos, instituída pela lei 9140/95, e lhe forneça recursos materiais, financeiros e humanos para cumprir a missão, com orçamento anual de R$ 3 milhões.
Além disso, a União está obrigada a contratar, num prazo de 90 dias, laboratório especializado na realização de exames de DNA em ossos para realizar exames em todos os casos necessários, especialmente das ossadas oriundas da vala comum de Perus.
Além do pedido liminar já analisado, a ação civil proposta pelo MPF pede que sejam responsabilizados pela demora na identificação a União, o Estado, a Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), a Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), a Universidade de São Paulo (USP) e mais cinco pessoas, a maioria legistas, sob a responsabilidade dos quais estiveram sob análise as ossadas de Perus ou material genético dos familiares das vítimas para confrontação.