Depois de quatro meses de uma intensa disputa com o PMDB, o PT tomou do aliado a presidência da Fundação Nacional da Saúde (Funasa). A presidente Dilma Rousseff nomeou para o cargo o engenheiro Gilson Queiroz Filho, ligado ao ex-ministro Patrus Ananias (Desenvolvimento Social). A Funasa administra um orçamento de R$ 4,7 bilhões e desde 2005 era controlada pelos peemedebistas.
Em compensação, o PMDB assegurou lugar na diretoria da fundação para dois de seus afilhados: Ruy Gomide, indicado pela bancada goiana, e Marcos Mofarrej, pela do Rio de Janeiro. Os dois chegaram a ser lembrados pelos dirigentes peemedebistas para ocupar a presidência da Funasa, mas a presidente Dilma decidiu fazer um agrado a Patrus, a quem ainda não contemplou com nenhum cargo.
Maior defensor do PMDB na presidência da Funasa, o líder do partido na Câmara, Henrique Eduardo Alves (RN), desistiu da disputa com o PT, embora tenha retardado as mudanças por quatro meses. Admitiu que se envolveu numa luta desigual. Alves pensou também no futuro. Ele deverá ser candidato a presidente da Câmara para o biênio 2013/2015. Nesse caso, é importante não desagradar nem a presidente da República nem os petistas.
Com o recuo na briga pela presidência da Funasa, Henrique Alves garantiu de vez a manutenção de Elias Fernandes na diretoria-geral do Departamento Nacional de Obras Contra as Secas (Dnocs). Fernandes está no posto desde o governo de Luiz Inácio Lula da Silva, por indicação de Henrique Alves. O cargo dele, como o do presidente da Funasa, era um dos mais cobiçados. O PSB o reivindicou para o partido; o PT também. Mas, nesse caso, Dilma manteve o PMDB à frente da autarquia.