Originalmente defendida como uma verba extra para pagar as despesas com transporte e com a mudança da família do parlamentar do estado de origem para Brasília, a Câmara gasta por ano até R$ 16,9 milhões com pagamento de ajuda de custo para os 513 deputados. A verba equivale a um salário de deputado, de R$ 16.512,09, e é paga para cada um deles no início e também no final do ano legislativo. No Senado, também há pagamento dessa ajuda de custo para cada senador.
A ajuda seria para cobrir as despesas que o parlamentar teria para levar sua família a Brasília durante o período de trabalho e, no fim do ano, para fazer o percurso de volta e garantir a presença da mulher e filhos no estado durante o recesso parlamentar.
A despeito do pagamento da ajuda de custo, deputados reclamam agora do fim da possibilidade de usar a cota de passagem aérea pelo cônjuge e pelos filhos, que poderia garantir a presença mais frequente da família em Brasília. As ajudas de custo elevam para 15 o número de salários anuais pagos aos deputados e senadores, mas esse total já chegou a 19.
Em janeiro de 2006, a Câmara, presidida pelo deputado Aldo Rebelo (PCdoB-SP), aprovou o fim do pagamento de duas ajudas de custo quando havia convocação extraordinária do Congresso durante os meses de recesso parlamentar. O Senado acompanhou a decisão da Câmara.
Como as convocações podem ser feitas em julho e janeiro, os deputados e senadores chegavam a receber até quatro salários a mais por ano. Esse reforço na conta bancária levava, habitualmente, às convocações extraordinárias regulares do Congresso durante o recesso. Depois do fim do pagamento das ajudas de custo, nunca mais houve convocação extraordinária.
Com o tempo e pelo fato de que grande parte dos deputados mantêm suas famílias no estado, o pagamento da ajuda de custo passou a ser justificada pelas despesas extras que, eventualmente, o deputado tem que fazer, o chamado auxílio-paletó.
A ajuda de custo integral era concedida também aos suplentes que assumiam, mesmo por um único dia, o mandato parlamentar, com o afastamento temporário do titular da vaga. Esse benefício foi cancelado no início do ano pelo presidente da Câmara, Michel Temer (PMDB-SP), que não paga mais a ajuda integral quando o suplente assume por menos de um mês.