O ministro da Defesa, Waldir Pires, estendeu aos controladores de vôo o mesmo tom de veemente defesa que fez à atuação do presidente Luiz Inácio Lula da Silva, no episódio do motim do último dia 30. Pires defendeu os controladores das acusações de responsabilidade no acidente entre o Boeing da Gol e o jato Legacy, em 29 de setembro. Disse ter ficado "indignado "com a repercussão na imprensa dos Estados Unidos, que fez ataques fáceis e de forma mesquinha e de forma mesquinha ao controle do tráfego aéreo controle do tráfego aéreo brasileiro.
Em seguida, exaltado, Pires lembrou que os pilotos do Legacy descumpriram o plano de vôo que estava previsto. "Este plano de vôo foi esquecido? Por que o transponder não estava ligado", indagou o ministro, que chegou a bater com a mão na mesa. E emendou: "Por que se pretende atribuir a nós a responsabilidade do acidente?" Pires lembrou que é preciso que se verifique o episódio anteriormente e que a partir daí vieram as acusações aos controladores.
Ele rebateu também o que chamam de demora nas investigações, alegando que elas estão sendo conduzidas no tempo adequado e que é assim que acontece em todos os lugares do mundo porque não é uma investigação criminal. Segundo ele, os problemas que estão ocorrendo no tráfego aéreo não dependem só do comandante da Aeronáutica, dele ou da equipe. O ministro disse ainda que no resto do mundo o controle do tráfego aéreo não está na mão dos militares e que isso só ocorre na Eritréia, na Somália e no Uruguai. Na Argentina, até recentemente o controle aéreo era exercido por militares.