A avaliação inicial feita pela Honeywell, fabricante do transponder, não indicou alterações significativas nos equipamentos do Legacy que se chocou em 29 de setembro com um Boeing da Gol, causando 154 mortes. Segundo uma fonte da Aeronáutica, o jato contava com dois aparelhos, e não um. Uma das antenas funcionava perfeitamente. A segunda, porém, apresentava registros oscilantes, que não foram considerados relevantes para se elucidar as causas do desligamento.
Até agora não há uma explicação plausível sobre o que levou o equipamento a parar de funcionar. Também não se sabe como o transponder voltou a emitir sinais depois do choque. Isso reforça as suspeitas levantadas logo após a tragédia de que o aparelho teria sido desligado pelos pilotos americanos, ainda que inadvertidamente, por inobservância de procedimentos ou para ‘testar’ o jato, fazendo manobras.
Os militares dizem que a pane em um transponder é admissível. Em dois, "beira entre o impossível e o improvável." Para técnicos da Aeronáutica, o desligamento do transponder ainda é a causa número um da colisão.
Após uma viagem aos Estados Unidos, onde acompanhou a perícia no transponder do jato, o coronel Rufino Ferreira, responsável pelas investigações, desembarcou em Brasília e procurou os controladores que estavam de plantão no momento da colisão para uma primeira conversa.