O Congresso Nacional abriu três frentes de investigações para apurar dois assuntos em caráter de urgência: um suposto esquema de pagamento de mesadas a parlamentares e um suposto esquema de corrupção nos Correios.
Em maio, a imprensa divulgou gravação em que o ex-diretor do Departamento de Contratação e Administração de Material dos Correios Maurício Marinho aparece recebendo R$ 3 mil de suposta propina de empresários e falando sobre um suposto esquema de arrecadação ilegal em estatais, em benefício do PTB, à época presidido pelo deputado Roberto Jefferson (RJ). Esse caso é investigado na Comissão Parlamentar Mista de Inquérito (CPMI) dos Correios.
Já a possibilidade de pagamento de mesadas em troca de apoio ao governo surgiu em declarações do deputado Roberto Jefferson à imprensa e é objeto de exame da Comissão de Sindicância da Câmara. Além disso, Jefferson está sendo ouvido pelo Conselho de Ética e Decoro Parlamentar da Câmara para verificar se ele quebrou o decoro parlamentar. A representação contra Jefferson no Conselho de Ética foi movida pelo Partido Liberal (PL), que pede a cassação do deputado.
Cada um dos órgãos apura elementos distintos do caso e tem características de atuação diferentes, embora todas as denúncias tenham participação do deputado Roberto Jefferson – que, além de denunciar o chamado "mensalão", foi citado na gravação por Maurício Marinho como suposto mandante do esquema de corrupção na estatal.
A CPMI dos Correios foi a primeira a iniciar as investigações. Foi instalada em 25 de maio, uma semana e meia após a divulgação da fita de vídeo com imagens de Maurício Marinho. Seus trabalhos não incluem as denúncias do chamado "mensalão", mas avaliam a possibilidade de conexão entre os casos. A CPMI vai verificar os contratos que os Correios mantêm com empresas do publicitário Marcos Valério – este, de acordo com Roberto Jefferson, seria responsável pelo pagamento das mesadas aos parlamentares.
Os parlamentares chegaram a cogitar a criação de uma única CPI para investigar todas as denúncias, mas a Comissão de Constituição e Justiça (CCJ) da Câmara limitou as investigações apenas às denúncias na Empresa Brasileira de Correios e Telégrafos. A CCJ argumentou que, pelas normas estabelecidas para o seu funcionamento, as CPIs têm de ater-se um fato determinado, específico. Não poderia ser uma investigação genérica sobre vários assuntos ao mesmo tempo, sob pena de o Supremo Tribunal Federal (STF) impugnar os trabalhos.
A CPI é mista, com 32 membros, sendo 16 deputados e 16 senadores, e tem o prazo inicial de 180 dias para concluir os trabalhos. De todas as instâncias de investigação na Câmara e no Senado, a CPI é a única que tem poderes previstos no Regimento Interno do Congresso para quebrar sigilos bancários, fiscais e telefônicos.
Outra instância das investigações é a Comissão de Sindicância, criada pela Mesa Diretora da Câmara e presidida pelo corregedor da Casa, deputado Ciro Nogueira (PP-PI), para também apurar as denúncias de Roberto Jefferson referentes ao suposto pagamento de mesadas. A diferença entre os trabalhos do Conselho de Ética e da Comissão de Sindicância é que esta última tem como função investigar a conduta dos diversos parlamentares supostamente envolvidos no esquema de "mensalão", e não apenas o decoro do deputado Roberto Jefferson.
Enquanto os trabalhos do Conselho de Ética são públicos, a sindicância realiza suas atividades de maneira sigilosa, como prevê o Regimento Interno da Câmara. Todos os depoimentos são colhidos a portas fechadas para não prejudicar o andamento das investigações.
A sindicância foi criada a partir de representações apresentadas à Corregedoria da Câmara, de autoria dos deputados Severino Cavalcanti (PP-PE), presidente da Casa, e Raul Jungmann (PPS-PE). A Comissão é integrada por cinco parlamentares: o corregedor da Câmara e mais quatro deputados escolhidos entre os membros da Casa e que tenham experiência na área de investigações. A atual Comissão de Sindicância tem como relator o deputado Robson Tuma (PFL-SP), e é também composta pelos deputados Mussa Demes (PFL-PI), Odair Cunha (PT-MG) e Givaldo Carimbão (PSB-AL).
No final dos trabalhos, a Comissão de Sindicância encaminha à Mesa Diretora da Câmara representação que pode solicitar a perda de mandato de parlamentares, caso o órgão comprove o envolvimento de deputados no suposto pagamento de mesadas. A Mesa Diretora vai decidir por voto se acata ou rejeita a representação da sindicância. Se acatar, encaminha a representação ao Conselho de Ética da Câmara, que vai abrir processos para analisar individualmente os pedidos de perda de mandatos por quebra de decoro parlamentar.
No Conselho de Ética e Decoro Parlamentar da Câmara, a decisão final sobre a cassação do parlamentar é do plenário da Câmara, uma vez que o conselho apenas dá o seu parecer sobre o processo. A votação do pedido de cassação de deputados é secreta, feita em cédulas de papel. Para ser cassado, são necessários no mínimo 257 votos favoráveis à perda de mandato do parlamentar.
O conselho iniciou os trabalhos dia 08 de junho e tem 90 dias para encerrar as investigações. Se nesse prazo o Conselho não votar o processo e nem encaminhá-lo para votação do plenário da Câmara, no 91º dia ele passa automaticamente a trancar a pauta da Casa e impedir que outras matérias sejam apreciadas pelo plenário.
O prazo pode ser prorrogado a pedido dos membros do Conselho, mas o plenário da Câmara tem que aprovar a solicitação. O Conselho de Ética é integrado por 15 deputados titulares e 15 suplentes. O órgão foi criado em 2001 para analisar pedidos de perda de mandato por quebra de decoro parlamentar. O processo contra o deputado Roberto Jefferson é o terceiro analisado pelo Conselho de Ética desde a sua criação.