A solução dos entraves mais urgentes para o setor ferroviário demanda investimentos de R$ 25,8 bilhões até 2025, de acordo com estimativa divulgada hoje pelo a Confederação Nacional dos Transportes (CNT) na Pesquisa Ferroviária 2009. A pesquisa CNT mostra ainda que para uma rede ideal de ferrovias seria necessário um plano mais longo de investimentos que engloba R$ 54,5 bilhões também até 2025. Esse plano incluiria ainda a duplicação e recuperação de ferrovias. Com esses investimentos, a participação das ferrovias no transporte de carga passaria dos atuais 25% para 38%.
Dos R$ 25,8 bilhões estimados para a solução dos problemas emergenciais, R$ 17,7 bilhões devem ser aplicados na expansão da malha ferroviária e outros R$ 8,1 bilhões para solucionar tradicionais problemas do setor, como os cruzamentos entre as ferrovias e avenidas ou estradas, conhecidos na área técnica como passagem de nível. Outro ponto crítico para o setor são as chamadas invasões de faixas de domínio, que geralmente são favelas que são construídas às margens das ferrovias. A Pesquisa da CNT revela que existem no Brasil 327 invasões de faixa de domínio e 12.289 passagens de nível.
O presidente da sessão de ferroviários da CNT, Rodrigo Vilaça, afirmou que a solução para as passagens de nível varia caso a caso. Entre as alternativas para a solução dos problemas estão desde a construção de um túnel ou viaduto até simplesmente a instalação de sinalização e de cancelas (as armações metálicas que abrem e fecham ao trânsito a passagem de nível). Segundo Vilaça, para solucionar 80% dos cruzamentos que hoje são precários seriam necessários R$ 3,2 bilhões.