Durante o período de vigência dos subsídios, era a Petrobras quem os pagava em troca de créditos com o Tesouro. Este, por sua vez, arrecadava recursos por meio da Parcela de Preço Específica (PPE), diferença entre o preço de venda do combustível pela estatal e o valor efetivamente recebido por ela. Em dezembro de 2001, houve um primeiro fechamento da conta petróleo com um saldo em favor da Petrobras, pago com títulos do Tesouro Nacional.
No dia 20 de dezembro de 2002, a ANP publicou uma série de despachos no Diário Oficial da União determinando à Petrobras que pagasse subsídios atrasados a distribuidores e transportadores. “Foi o último ato da conta petróleo”, contou o diretor da ANP, Luiz Augusto Horta.
Antes, em agosto, a ANP havia determinado à estatal que pagasse cerca de R$ 400 milhões a usineiros, a título de equalização dos custos de produção de cana-de-açúcar.
Na prática, a conta petróleo teria sido extinta no final de 2001, junto com a PPE. O governo, porém, pediu uma auditoria nas contas apresentadas desde meados de 1998, o que levou ao adiamento do acerto final. A auditoria reduziu o débito do Tesouro em mais de R$ 1,2 bilhão, alegando erros de cálculo por parte da Petrobras.