O relatório final da Polícia Federal sobre a Operação Xeque-Mate não faz nenhuma referência que incrimine o presidente Luiz Inácio Lula da Silva, mas o seu nome é citado várias vezes no documento entregue à Justiça Federal. Lula tem criticado pesadamente a atuação da PF no episódio e atribuiu ao delegado Alexandre Custódio, que dirigiu a missão, o vazamento de informações.
A PF incrimina diretamente pessoas muito próximas do poder, incluindo o irmão mais velho de Lula, Genival Inácio da Silva, o Vavá, acusado de tráfico de influência e exploração de prestígio e um amigo e compadre do presidente, Dario Morelli Filho, acusado de formação de quadrilha, exploração do jogo de azar, contrabando, falsidade ideológica e sonegação fiscal.
Na próxima segunda-feira, a Procuradoria da República de Mato Grosso do Sul deverá denunciar criminalmente 27 envolvidos com a máfia, inclusive Morelli. Nas 747 páginas das transcrições de interceptações telefônicas que acompanham o relatório, o nome do presidente é mencionado, principalmente, quando o grampo pegou Vavá e Morelli.
A PF crava o nome do presidente também quando relaciona documentos apreendidos em buscas, incluindo uma carta que Vavá iria entregar a Lula pedindo sua interferência em um negócio de R$ 13,7 milhões, valor relativo a uma pendência judicial em Porto Alegre (RS). No capítulo dedicado a Vavá, a PF transcreve trechos das duas últimas páginas de seu interrogatório, nas quais ele é questionado sobre o assédio que teria feito ao presidente para que o atendesse nas tentativas de lobby.