O Ministério Público Federal (MPF) recorreu da decisão do juiz federal Murilo Mendes, da Vara de Sinop, no Mato Grosso, de absolver os pilotos norte-americanos Jan Paul Paladino e Joseph Lepore e três controladores de voo da acusação de negligência na ação que apura responsabilidades no acidente envolvendo um jatinho Legacy e um Boeing da Gol. As duas aeronaves colidiram em 29 de setembro de 2006, provocando a queda do Boeing e a morte das 154 pessoas a bordo. Paladino e Lepore pilotavam o Legacy, que ficou avariado, mas conseguiu pousar.
No recurso, a procuradora da República Analícia Ortega Hartz Trindade pediu que a decisão do juiz seja revista e a ação continue. Para a procuradora, os acusados devem ser condenados a pena que varia de dezesseis meses a quatro anos de prisão. Em 9 de dezembro de 2008, o juiz Murilo Mendes absolveu os dois pilotos e os controladores de voo Felipe Santos dos Reis e Leandro José Santos de Barros das acusações de negligência. Já o controlador Lucivando Tibúrcio de Alencar teve uma absolvição parcial da acusação de negligência no estabelecimento de comunicação com o Legacy, mas continuou a responder pela denúncia de omissão na configuração das frequências no console.
Para a procuradora, os pilotos não poderiam ter sido absolvidos porque foram negligentes na adoção dos procedimentos de emergência com relação à falha de comunicação com o Centro Integrado de Defesa Aérea e Controle de Tráfego Aéreo (Cindacta) 4, em Manaus. No recurso, ela afirmou que, quando os dois perceberam a falha, deveriam ter avisado o centro de controle para que a segurança de todos os voos fosse mantida. Segundo ela, os pilotos assumiram um risco de voar de Brasília a Manaus sem comunicação, ao não ativarem o código no transponder, colocando em risco o Legacy e outras aeronaves que voavam na região.
Com relação aos controladores de voo, a procuradora insistiu na acusação de imperícia de Felipe Santos dos Reis e considerou “inconsistentes” os argumentos do juiz para absolver Leandro José Santos de Barros e Tibúrcio de Alencar.