Acusado pela Procuradoria-Geral da República (PGR) de liderar, em 1999, a invasão da sede do Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (Incra) em Marabá (PA) por 10 mil trabalhadores sem terra e assentados, o líder e advogado da Comissão Pastoral da Terra (CPT) no sul do Estado, José Batista Gonçalves Afonso, foi condenado a de 2 anos e 5 meses de prisão, mesma punição aplicada ao ex-coordenador regional da Federação dos Trabalhadores na Agricultura (Fetagri) Raimundo Nonato Santos da Silva. A sentença é do juiz federal da cidade, Carlos Henrique Haddad.
Em nota, 16 entidades, entre elas a CPT e o Movimento dos Trabalhadores Rurais Sem Terra (MST), alegam que a decisão de Haddad foi uma condenação de "caráter político" que criminaliza os grupos sociais "empenhados na luta pela reforma agrária". Em abril de 2002, a PGR propôs a suspensão do processo, mediante pagamento de seis cestas básicas por acusado e comparecimento mensal à Justiça Federal, o que foi aceito por Afonso e demais suspeitos.
Ainda durante o cumprimento das condições, a Polícia Federal (PF) indiciou, novamente, o líder e advogado da CPT no sul do Pará, e teve início outro processo, pelo crime de esbulho (privar de alguma coisa ilegitimamente, por fraude ou violência) por causa de um segundo acampamento dos mesmos movimentos em frente ao Incra. Houve uma nova proposta de pagamento de cestas para a suspensão da segunda ação, o que foi aceito.
"Cumpridas as condições impostas pelo primeiro processo e, no momento de o MPF (Ministério Público Federal) requerer a extinção dele, outro juiz, Francisco Garcês Júnior, assumiu a Vara Federal de Marabá e, sem nenhum fato novo, sem ouvir o MPF, anulou todas as decisões do seu antecessor e determinou o seguimento dos dois processos contra Batista e Nonato", diz nota.