As inclusões feitas pelo Congresso das empresas que podem pagar os impostos pelo Simples (que reduz a tributação para pequenas empresas) e a reabertura ampla para que as empresas possam aderir ao programa de parcelamento dos débitos federais, o Refis foram vetadas pelo então presidente Fernando Henrique Cardoso.
O relator da medida provisória na Câmara, deputado Benito Gama (PMDB-BA) afirmou que já teve contato com o líder da bancada do PT, Nélson Pellegrino (BA), e com o ex-líder João Paulo (SP) para derrubar os vetos presidenciais. “É politicamente mais fácil articular a derrubada dos vetos, já que não causaria nenhum desgaste ao presidente Luiz Inácio Lula da Silva”, disse Gama à Agência Estado.
Quando o presidente da República veta uma lei ou trechos dela, o Congresso Nacional pode revogá-los, em votação com maioria simples.