O comandante da Aeronáutica, brigadeiro Juniti Saito, condenou, na CPI do Apagão Aéreo do Senado, as propostas para a desmilitarização do controle de tráfego aéreo. Segundo ele, o presidente Luiz Inácio Lula da Silva foi quem determinou o encerramento da discussão sobre a desmilitarização e lhe "deu autoridade" para conduzir a solução da crise como entendesse ser a melhor forma. Saito criticou, também, as lideranças dos controladores, justificando que elas estão usando associações para fazer reivindicações de cunho sindical.
O comandante da aeronáutica admitiu que falha humana pode ter levado ao acidente. Ao ser questionado pelo senador Demóstenes Torres, relator da CPI, se a falha humana que causou o acidente do ano passado pode se repetir, o brigadeiro respondeu: "falha humana é inerente ao ser humano". Diante da contestação de que neste caso 154 pessoas morreram, o brigadeiro concordou que foi uma fatalidade e passou a defender o sistema de controle do tráfego aéreo, ressaltando que todo ele tem reforço.
Segundo o brigadeiro Saito, o movimento pela desmilitarização "atrapalhou muito a condução da crise aérea". Ele foi duro ao avisar aos controladores militares que não estejam satisfeitos com seus salários ou de estarem na Força Aérea: "se ele não quiser ser militar, que peça demissão, mas não comece a influenciar os outros companheiros". Para o comandante, há militares com um ano e meio de carreira que estão ajudando neste movimento e ele "não têm capacidade e nem conhecimento" para opinar sobre o sistema.
"Quando formamos um militar, não é só colocar farda. É a consciência da cabeça aos pés. Somos profissionais da guerra", declarou o comandante. E acrescentou: "se não formos rigorosos com a hierarquia e a disciplina, não vai haver Forças Armadas". O comandante da FAB lembrou a solidariedade que recebeu da Marinha e do Exército no episódio do acidente com o Boeing da Gol. Comentou que nenhuma força está livre de enfrentar problema semelhante no futuro. "Se não houver consciência da hierarquia e disciplina, instala-se um caos em uma Força Armada", afirmou. E avisou: "nós vamos vencer esta fase porque nenhuma pessoa, nenhum grupo, nenhuma classe pode ser mais importante que uma instituição. E eu acredito nisso".
Ao condenar a atitude do sargento controlador Wellington Rodrigues, presidente da associação nacional dos controladores do tráfego aéreo, disse que o Estatuto dos militares não permite sindicalização dos militares. Na sua avaliação, a associação tal como está funcionando, apresentando reivindicações de todo cunho inclusive salarial, não pode ser reconhecida como associação pela legislação militar.