Os candidatos a uma bolsa de estudos do Programa Universidade para Todos (Prouni) selecionados na primeira etapa devem comprovar as informações na instituição de ensino até hoje. Os pré-selecionados devem comparecer às universidades com os documentos que comprovem as informações dadas na inscrição. De acordo com o site do Prouni, cada instituição de ensino tem o poder de realizar, ou não, um processo seletivo próprio.
Os candidatos que forem aprovados terão seu nome registrado no Sisprouni, com emissão do Termo de Concessão de Bolsa. Ao final da primeira fase, é aberta uma segunda etapa de inscrição para pré-seleção de candidatos às bolsas que não foram ocupadas. De acordo com o Ministério da Educação (MEC), os reprovados na primeira fase podem se inscrever novamente, assim como os que não participaram dela.