Com a inauguração da Arena pelo Atlético, em 1999, a Federação assinou um contrato de locação com o Paraná Clube, em 2001, iniciando uma nova fase de obras no estádio, que teve sua capacidade reduzida para 35 mil pessoas.
A antiga arquibancada foi substituída por um único anel, aproximado-a em 20 metros do campo, permitindo melhor visão para a torcida. Além disto, houve a pavimentação de todo o estacionamento, a construção de um centro de exposições, a construção de quatro alojamentos para atletas, construção de dois campos auxiliares, elevação dos túneis de acesso ao estádio, instalação de uma academia de ginástica, e a construção de um centro de golfe.
O Tricolor jogou no Pinheirão até 2006. Depois o Real Brasil, do polêmico empresário Aurélio Almeida, também utilizou o local para concentrar e realizar os treinos do time. O estacionamento passou a ser utilizado por um feirão de automóveis e motos.
O estádio recebeu melhorias em 2003, durante as eliminatórias para a Copa do Mundo da Alemanha, para o jogo Brasil 3 x 3 Uruguai, no dia 19 novembro. Marcaram para os brasileiros Kaká e Ronaldo (2) e para os uruguaios Diego Forlán (2) e Gilberto Silva (contra).
O jornalista Juca Kfouri, então âncora esportivo da Rede CNT, fez um programa ao vivo após o jogo no centro de exposições que tinha ainda museu sobre o futebol paranaense.
Foram colocadas cadeiras em todo o estádio, reduzindo a capacidade para 28 mil lugares. No mesmo período, o presidente Onaireves Moura projetou a construção de um centro de exposições, um ginásio coberto, duas piscinas e quadras de tênis. Mas nunca mais foram acrescentadas benfeitorias ao local.