– A fórmula de disputa do Paranaense 2009 foi definida em pré-arbitral, no dia 11 de setembro de 2008. Na ocasião, os clubes decidiram que os quatro melhor colocados na primeira fase teriam direito a quatro mandos de campo na fase decisiva, contra três dos demais classificados.
– Arbitral realizado em 11 de novembro de 2008 ratificou o combinado no encontro anterior. Porém, o critério de mandos na segunda fase foi escrito de maneira diversa no regulamento da competição. Na ocasião, ninguém percebeu e o documento foi aprovado pelos clubes.
– No dia 11 de fevereiro de 2009, com o campeonato já em andamento, a FPF divulgou a tabela da segunda fase de acordo com o combinado no pré-arbitral, mas em contradição ao texto do regulamento. O jogo entre os dois melhores da primeira fase foi marcado para o estádio do segundo colocado.
– A clara contradição entre tabela e regulamento levou a uma ação da procuradoria do TJD. No dia 12 de fevereiro, o tribunal julgou o caso e, por unanimidade, ratificou a posição da FPF.
– O Atlético não aceitou a decisão e recorreu ao STJD. O time da Baixada ainda tentou um acordo, propondo uma nova tabela. A proposta não foi acatada pela FPF, que exigiu unanimidade entre os clubes.