No ano seguinte à queda no brasileirão, o Coritiba está desmotivado, perde o paranaense para o Atlético e é rebaixado à terceira divisão do brasileirão.
Em 1991, o Coritiba volta à segunda divisão do Campeonato Brasileiro, porém, isso acontece devido à extinção da terceira.
Em 1992, o Coxa enfrenta o Bangú e mais uma vez sai vitorioso, com o resultado de 2 a 1.O primeiro gol aconteceu aos 4 minutos, marcado por Tico.
O ano de 1995 esbarraria em uma crise com Evangelino. Após derrota para o Matsubara, time de Cambará, a torcida pressiona o presidente para renunciar.
Logo após o conflito Édison Mauad, Sérgio Prosdócimo e Joel Malucelli assumem a presidência do Coritiba, que passa por uma profunda reestruturação.
A crise, no entanto, estava presente no futebol nacional. No campeonato brasileiro de 1997 os clubes que não conseguiram classificação à próxima fase disputaram o Festival do Futebol Brasileiro, que contava com oito times. A final foi disputada nos pênaltis entre o Botafogo e o Coritiba. Este foi mais um troféu levado ao Alto da Glória.
Em 1999, o Alviverde termina com o jejum de 10 anos sem ganhar títulos estaduais. Seu adversário foi o Paraná Clube, com o qual empatou no tempo regular em 2 a 2.
