A segunda ?era? de Paulo Bonamigo no Paraná Clube encerrou-se de forma melancólica. No primeiro ciclo em 2001 e 2002 levou o Tricolor à final do Paranaense (e ?vendeu caro? o título ao Atlético, com três empates) e fez uma campanha segura no Brasileiro da 1.ª Divisão. Desta vez, a trajetória foi menos linear, com alguns picos que chegaram a empolgar a torcida e outros momentos de frustração. No geral, foram 26 jogos, com 11 vitórias, 6 empates e 9 derrotas (aproveitamento de 50%).
O treinador não resistiu ao início medíocre da Segundona, com o Paraná amargando a lanterna da competição após cinco rodadas completas. A seqüência de sete jogos sem vitória (um pela Copa do Brasil, um pelo Estadual e o restante na Série B) foi capital para o destino de Bonamigo. Visto como um redentor – assim que assumiu o clube em fevereiro o Tricolor estava mal das pernas e logo na estréia ele venceu um clássico -, o treinador caiu no lugar comum, onde maus resultados têm como ?recompensa? a degola.
Contestado por algumas decisões, Bonamigo deixa alguns legados. Foi com ele que Joelson voltou a viver bons momentos no clube (por mais que o torcedor ainda torça o nariz para o jogador) e mesmo sendo visto como teimoso, o técnico fez Éverton se destacar com a camisa azul, vermelha e branca, jogando como ala. O seu trabalho fez com que Éverton e Giuliano amadurecessem. ?Acredito que o processo só não evoluiu ainda mais porque não obtivemos o sucesso que esperávamos no Estadual e depois pela forma como caímos na Copa do Brasil?, analisou Bonamigo.