A carreira de Pedrinho, que já era marcada por contusões e decepções na seleção brasileira, sofre um novo e duro golpe: a acusação de doping. De 1998 para cá, sua grande luta foi para entrar em campo. O meia do Palmeiras passou mais de dois anos recuperando-se de operações nos joelhos.
A via-sacra de Pedrinho começou no dia 6 de setembro de 1998, no vitória do Vasco sobre o Cruzeiro, por 2 a 0, em São Januário. Aos 12 minutos do primeiro tempo, ao tentar jogada individual, sofreu forte carrinho do zagueiro Jean e deixou o campo com entorse no joelho direito. Submetido a exame de ressonância magnética, teve a confirmação de três lesões: ruptura do ligamento cruzado anterior, ruptura do menisco interno e um traço de fratura na parte posterior do platô tibial (parte superior da tíbia). Foi operado no Rio e ficou sete meses afastado.
Voltou aos campos no dia 30 de março de 1999, no jogo-treino entre Vasco e Duquecaxiense. Anotou dois gols na goleada por 6 a 0. A alegria durou pouco. Em outro jogo-treino, no início de abril, desta vez contra o Volta Redonda, nova ruptura nos ligamentos do joelho. Passou por nova cirurgia e ficou 9 meses parado. Passou o mês de dezembro aprimorando a forma física.
Os fortes exercícios acabaram ocasionando dores musculares. No dia 2 de abril de 2000, voltou a ser titular do Vasco. Poucos dias depois, Ronaldo sofreu contusão semelhante e se mostrou solidário. ?Estou triste, não só por ser algo parecido com o que vivi, mas por se tratar de um dos maiores atletas do mundo,? afirmou Pedrinho, na época.
Destaque do Vasco no Campeonato Carioca daquele ano, ele sonhava em disputar a Olimpíada de 2000, em Sydney. Acabou frustrado com a divulgação dos convocados pelo técnico Vanderlei Luxemburgo.
Em agosto do ano passado, foi contratado pelo Palmeiras para substituir Alex. Estreou bem, marcando gol na vitória sobre o América-MG, por 3 a 1. No dia 18 de novembro, Pedrinho teve o primeiro duelo contra seu ex-clube. Aparentemente tudo ia bem, apesar de dores por pancadas no joelho esquerdo. Em nova ressonância, a confirmação: ruptura no ligamento cruzado. E mais 10 meses de martírio.