Grande José Renato, saudações. Primeiramente acredito que nenhum deles esteja errado. O universo de preparação física e dos exercícios é tão amplo, em múltiplos níveis e possibilidades, que hoje em dia muitas das antigas fórmulas e conceitos vem caindo por terra.
O que eu acho que falta nessa questão é comunicação, especificar melhor suas necessidades e objetivos para os profissionais, pois cada professor deu sua visão e com certeza existe uma teoria ou argumentação coerente que o faça pensar assim. É verdade também que muitos deles orientam baseados em suas próprias preferências e experiências pessoais.
Existe no treinamento físico um conceito que é chamado de “Princípio da Especificidade”. Se o professor acha que seu objetivo é melhorar a corrida ele pode lhe orientar a correr antes, pensando que ao correr depois da musculação, você poderia comprometer seu rendimento na corrida. Como no inicio do treino você tem mais energia e estoque de nutrientes, ele prioriza o trabalho de corrida e coloca a musculação de uma forma secundária.
O outro Instrutor que recomendou a musculação antes pode ter pensado usando o mesmo conceito, porém ele achou que seu objetivo primordial é a hipertrofia muscular. Da mesma forma, ele prioriza o trabalho da musculação antes, no momento que você tem mais energia para desenvolver exercícios de potência e força que rompam mais fibras musculares, e gerem uma hipertrofia mais acelerada e intensificada. Ele verá o aeróbico como um complemento do trabalho, não visando a performance na corrida e nem a intensidade, mas somente manter o condicionamento cardiovascular e ajudar na queima de gordura.
O professor que disse para você não misturar os dois foi mais especifico ainda, porque ele não quer misturar os estímulos. Para ele, pra você fazer bem feito no dia de ferro é só ferro, e no dia de cardiovascular é só cardiovascular. E ele tem seus argumentos que não deixam de ser uma verdade, pois para quem treina sério mesmo musculação com intuito competitivo é impossível sair de uma série de agachamento pra pernas com mais de 100 quilos e depois ainda conseguir correr, além de desgastante ainda pode ser lesivo porque a força e a tensão máxima geram reflexos de encurtamento no momento pós treino. Da mesma forma que se corresse antes gastaria a energia e não conseguiria agachar tão pesado.
Eu pessoalmente sempre preferi o ferro antes, porque sempre gostei mais de musculação, e acredito que, tanto para ganho de músculos quanto pra queima de gordura, fazer musculação antes e cardiovascular depois é mais eficiente. Agora, se meu objetivo fosse a performance em corrida, eu usaria a especificidade e colocaria a corrida antes. Espero ter ter lhe ajudado.
Grande abraço.