Localizado na cidade de Santos, o Museu permite uma visão geral dos principais grupos marinhos do Brasil e de várias partes do mundo, já que 90% do material exposto vem do exterior, originário dos oceanos Atlântico, Pacífico e Índico.
Tendo como origem uma coleção de conchas, seus 21 mil exemplares correspondem ao maior acervo de conchas do País. A maior mede 1 metro, pesa 148 Kg e é natural das Filipinas. Foi enviada por uma associação de conquiliologia (estudo científico das conchas) americana, que a permutou por conchas típicas da costa brasileira.
A visita monitorada apresenta, ainda, o acervo de animais taxidérmicos, que conta com tartarugas, aves marinhas e um exemplar da maior espécie de tubarão do mundo, o tubarão-baleia, com 6 m de comprimento e uma tonelada de peso. Exibe um raro tubarão-anão adulto de 24 cm, além de tubarões xifópagos (um corpo e duas cabeças).
Esponjas marinhas das Bahamas, algas, corais, aquários com invertebrados e espécimes como o peixe-escorpião, que se mimetiza e confunde com as rochas, disputam espaço com escafandros, âncoras e canhões antigos. O estudo das ciências do mar é complementado por biblioteca com cerca de 2 mil volumes, sala de audiovisual com mais de 100 títulos de filmes e curso mensal de mergulho, que oferece certificado internacional. Destinado às escolas, o Projeto Mangue divulga a importância sócio-econômica desse ecossistema, berçário da vida do mar.